康熙登基后，不甘受朝中重臣太子少保鳌拜的挟迫，命太监总管海大富招集七旗旗主在京城丽春院会晤，共商对付鳌拜的办法。
丽春院
从小生长在烟花酒肆的韦小宝这天也来到丽春院找姐姐春花，但不知她上哪里去了。听说隔村老陈把面粉丢在丽春院，替他在二楼拐角的花盆处找到面粉。下楼后，与保镖交谈，保镖便帮他去找春花。这时大队清兵来到丽春院，要搜捕天地会总舵主陈近南。韦小宝正想溜走，只见陈近南和青木堂周堂主持剑冲出房间，与清兵打了起来。韦小宝也被卷入战团。激战中周堂主被杀。韦小宝急中生智，用面粉救陈近南逃脱。清兵统领正想搜捕整个丽春院，正遇上在此密会的康熙和海大富。为不暴露身份，海大富出示康熙信物，遣走清兵。
青木堂
韦小宝救下陈近南后执意要跟随其左右。陈近南将他带回天地会总坛，收韦小宝为徒，并纳入青木堂内。韦小宝使出拍马绝技，但陈近南不吃这一套，命他混入皇城，伺机窃取大清王朝相传已久的四十二章经。韦小宝害怕，陈近南说出四十二章经的秘密，韦小宝不由心动，经讨价还价，决定一试。但自身武功低微，心里直犯嘀咕。陈近南命其寻找青龙草、朱雀散、白虎丹、玄武丸4种药物，炼出筋骨大还丹，以增加韦小宝的功力。临行前，陈近南命大小双儿与韦小宝同行，一路保护。
临皇县
三人出了京城，来到临皇县境内的一处村落。从村民口中得知，村中擅长制造炸药的矿工老皮在采矿作业中被“红魔鬼”捉走了，只留下孤苦伶仃的小皮。三人来到村南大妈家见到小皮，答应代其找回爸爸。三人西行，从一村姑口中得知似乎矿坑中藏着江湖盛传的鬼华佗所炼之白虎丹。在村西找到矿坑进入，一路杀妖除怪。在矿坑东北方向见到一红发人，原来就是村人所说的“红魔鬼”。那红发人一口洋文，韦小宝听不懂他说的是什么，正要上前解救老皮，不料一声枪响，眼前一黑不省人事。
韦小宝醒来，发现身在一樵夫家中，与樵夫交谈，才知自己中枪后得其从矿坑中搭救回来。谢过樵夫后，出门见到找回水壶的大双和小双，得到天衣清水。三人转回矿坑找到红发人，使用天衣清水浇湿火药，使他的火铳打不响，这样才得以击败红发人，救出老皮。回到村庄，从大妈口中得知老皮伤重，只有鬼华佗才能医治。小宝和双儿来到村北柴房中，遇见一位神秘老人。得知去古井旁的大树下可找到鬼华佗。三人依言在村西找到古井，但树下没有人。韦小宝大呼“鬼华陀”，只听得树上有人应答。韦小宝向鬼陀提及救老皮之事，鬼华陀答应了。韦小宝又问他要白虎丹，鬼华陀让他自己到矿坑里头找。
韦小宝在矿坑的西南方向，找到秘室，但入口为巨石阻住，进不去。返回村庄见到老皮，见老皮的伤势已为鬼华陀治愈，答应为韦小宝赶制火药。这天晚上就在老皮家住下。第二天，三人出村北炼矿场见到老皮，得到炸药，返回矿坑，用炸药炸掉挡路巨石，进入密室，取得白虎丹。
保定县
小宝和大小双儿三人离开矿坑南行东拐，到达保定县境内一个小镇。听镇上人说这里盗贼猖獗，扰得民心不安。造船屋的陈老板家就曾遭到洗劫，连造船工具也被抢走。来到镇东南造船屋见到陈老板，陈老板说，如果韦小宝能找回工具，愿免费为他制作一艘小船。小宝一行人从镇北出镇，从岔路口往西，找到强盗窝。对过口令后见到强盗头，将他打败后，要他解散众盗，并说出造船工具存放地点。按照强盗招出的地址，南行至尽头，东行三步进入地道，在地道中找到造船工具。返回村里，将工具交还陈老板。陈老板叫小宝半个月后来取船，于是三人返回客栈住下。
半个月后，一行人再到造船屋见陈老板，得知船已造好，停在镇外河边。三人行出镇外，遇到在临皇县柴房见过的神秘老人，得到爆破弹。继续前行，乘坐河边小船一路斩妖除怪，来到凤鸣岛。小宝想要休息，双儿逼他去寻找朱雀散。三人正争执间，一只红色大鸟自天空飞下，与三人展开一场激战。战胜大鸟后，小宝等人在茅屋中找到朱雀散。三人从原处上岸，回到保定县。
高阳县
从保定县向北走，来到高阳县境内一个村落，听村人说高阳县里有一个叫吴龙霸的恶棍，平时横行乡里，无恶不作。进入龙霸客栈，遇见吴龙霸命手下围殴村人阿修。三人救下阿修，原来阿修偷取吴龙霸的釉彩瓷马是为了求鬼华陀医治他娘的病。离开阿修家，从村人口中得知在村东有一墓穴，时常有鬼出没。小宝心中生疑，于是三人从南方出村东行找到墓穴。
在墓穴中一路打了下去，最后见到一位老者。那老者原来就是临皇县柴房中神秘老人，自称是川龙老者，因本尊被困于墓穴迷宫中，平时只能以分身示人，他要小宝等人找到神通镜，打败梦陀罗救出川龙本尊，然后他会知诉小宝鬼华陀的下落。
小宝和双儿回到龙霸客栈，按照川龙老者所说的，在门外三块大石旁找到墓穴入口。进入墓穴，好不容易在第二层墓穴东南方向找到神通镜。返回村东墓穴，见到川龙老者，三人被传送到另一处迷宫。在迷宫中击败梦陀罗，在迷宫入口处遇见获救的川龙老者，得知鬼华陀的下落。三人返回镇上，在阿修家门外的树上找到鬼华陀，请他医好阿修娘的重病。再去见阿修娘，得到青龙草。
九重县
韦小宝和大小双儿离开高阳县，继续北行到达九重县境内。在一村口被一剑士阻住。打败那个剑士后，剑士带三人回到家中。原来剑士名叫陈武，是县里陈长老的儿子，因东边神龙教追索玄武丸，使村民无法安生，故仗剑守在村口。小宝等人闻言，决定去会会神龙教。在陈武家稍事休息后，依陈武指点，先去村北寒冰岭找火炎玉。拿到火炎玉后返回陈武家，休息一晚。第二天由南边出村，东行找到神龙教所在。
神龙教总会里面关满了村人，却不见神龙教徒。正感到奇怪，修罗使奔来，一场恶斗，三人打跑了修罗使，救出长老及众村人。
回到陈武家，陈长老告知玄武丸的藏放地点。三人从木桌下进入秘道，在第二层迷宫中找到玄武丸。至此，小宝终于找齐了青龙草、朱雀散、白虎丹和玄武丸四种药物。
京城
韦小宝回京城见到陈近南，奉命前去应征后宫杂役，以便混入宫中。结果走错门，来到太监招募处，就在将受宫刑之际，被海大富解围带入宫中。从此小宝便在海大富手下当差，取名小春子。
皇宫
这一天，韦小宝正四处闲逛，被小桂子找到海大富房中。海大富欲遣两人前往太后寝宫窃取四十二章经，小桂子惧死不从，被海大富用化骨绵掌击毙。韦小宝也中了慢性化骨绵掌，为保住小命，只好于夜晚时分潜入慈宁宫。
韦小宝正在房里四处翻找经书，却恰逢太后回宫。韦小宝忙躲入屏风背后，太后略有觉察。就在这时，一黑衣蒙面人出现，引走了太后。韦小宝继续在房内查找，终于在寝床和书架间找出一条暗道。进入暗道，在迷宫内得到正红旗的四十二章经。刚刚走出暗道，被女扮男装的建宁公主撞见，一把将经书抢去。韦小宝气不过，一路死追缠打，建宁公主招架不住，跑到御书房去向康熙求助。韦小宝尾随追来，不知康熙身份与之过招，最终战成平手。康熙觉意犹未尽，便书信一封赐封韦小宝为天子门生，命海大富调教韦小宝武功，来日再行比过。
韦小宝回去后把书信交给海大富后，经海大富一番调教，终于练成龙爪手。再次和康熙在御书房比武，才知对手是当今皇上。就在这时，鳌拜率满朝文武闯入御书房，韦小宝和建宁公主忙躲入龙案下偷看。鳌拜气焰嚣张，挟迫康熙降旨拘禁大学士索尼。康熙正与鳌拜争执，建宁公主和韦小宝在龙案下打闹，被鳌拜发觉。韦小宝从龙案底下出来，滔滔不绝，喝退鳌拜，替康熙解了围。因此被封为金牌卧底，替康熙监视朝中乱臣奸党。
回房见到海大富，想以经书要挟海大富解除化骨绵掌之毒。海大富正要施加毒手，此时宫女来传太后旨意，要韦小宝去慈宁宫，韦小宝才逃过此难。
韦小宝随宫女来到慈宁宫，太后不在，遇见建宁公主，两人在宫中打闹，正逢太后回宫。为保公主名节，太后要处死韦小宝。这时黑衣人出现，与太后交手，结果在打斗中被撕去面纱，原来是海大富。而太后其实也不是真太后，而是神龙教的圣女。两人打得精疲力竭之时，韦小宝误打误撞，打跑了海大富。康熙赶到，假太后谎言圆场，把功劳归于韦小宝。
韦小宝被召到御书房，康熙查明韦小宝身份后，便与多隆一起商议除掉鳌拜的方法。韦小宝献出计谋，康熙依计行事，并把正红旗和正白旗的四十二章经赠给韦小宝。
第二天，召鳌拜到御书房晋见康熙，韦小宝和多隆使用“御赐毒酒”和“图穷匕见”等计谋都未奏效。而鳌拜神猛骁勇，难以匹敌。韦小宝只得引鳌拜追杀自己，然后朝慈宁宫方向逃跑。鳌拜不知是计，在后穷追，结果被假太后用神龙刺打倒。康熙赶到，假太后不愿暴露神龙教圣女的身份，便将功能归于韦小宝。于是，韦小宝又被封为不及格大学士，奉命与多隆一起去抄鳖拜的家。
京城
抄完鳌拜的家，并无太大收获。小宝觉得事有蹊跷，心想鳌拜是历经三朝的元老，家中一定还有机关秘道之类的设施来藏匿宝物。再三搜索之下，果然在内间卧室的书架和绿箱间发现秘道，在秘道迷宫内得到正蓝旗四十二章经。出了鳌府，小宝想起姐姐春花，决定去丽春院看望。
来到丽春院，见到春花。春花得知小宝现在身居高官，家财千万后，喜极大笑。这时陈近南出现，替小宝解去化骨绵掌之毒，并提升他为天地会青木堂堂主。陈近南说鳌拜在西域有个师弟七喇嘛，最近可能会潜入大牢营救鳌拜，命小宝和双儿前去阻拦，并杀掉鳌拜，而后借机行刺康熙。
皇宫
小宝和双儿回到宫中，被假太后召去慈宁宫。建宁公主回来撞见双儿二人，不由醋意大发，三人打作一团。打斗中在屋内发现一条暗道，三人进入暗道中救出真正的太后，得知一切皆为神龙教圣女所为。三人分头行事，建宁公主负责安顿太后，双儿则去慈宁宫接应小宝。
韦小宝来到慈宁宫，被假太后逼问四十二章经的秘密。小宝推诿不知。假太后生出毒计，将韦小宝与鳌拜关在一起，好在鳌拜身负重伤，又被牢牢地绑在石墙上，韦小宝有惊无险。此时七喇嘛前来劫狱，将韦小宝掳为人质。
京城
行到隐密处，鳌拜便要行功逼出神龙刺，这时陈近南和双儿赶到，与韦小宝一起同七喇嘛开一场生死战，最后破了七喇嘛的合体心法，将他杀死。陈近南走后，多隆和大队清兵赶到，合众人之力，将鳌拜除掉。这时假太后和康熙赶到，韦小宝机智地摆脱了假太后的诬陷，这时真太后和建宁公主也来到，揭穿了假太后的伪装。神龙教圣女落荒而逃。韦小宝因屡建奇功，被封为鹿鼎公。
至此，韦小宝权倾朝野，名重天下。而神龙教的阴谋刚刚展开，大清王朝的宝藏也引起各路人马的注意，欲知后事如何，请见《鹿鼎记Ⅱ之神龙教》。
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引 子
大清康熙年间，太子少保鳌拜自恃为托孤重臣，不把康熙看在眼里，对朝臣呼来喝去，甚至对康熙也指手划脚。而此时康熙年纪虽小，却是胸有壮志，更兼天纵英才，哪能受得鳌拜的这般挟制。这一日，康熙密令太监总管海大富招集七旗旗主密议对付鳌拜的办法，但是宫中遍布鳌拜的眼线，实在没有一安全地方。想来想去，最后选中了京城之中最繁华的丽春院作为密议地点。
既然丽春院已从杨州搬来，韦小宝当然也在这丽春院当中了。照例是摸牌赌钱，撒谎卖乖，无所不为。只有一点不同是，不是他妈在丽春院中，而换成了他姐姐春花。这一日，小宝胶来找姐姐，却到处也找不见。不知何故隔村老陈把面粉丢在了丽春院，于是找面粉，还真在二楼拐角的花盆边找到了。再找姐姐，问问门口的保镖吧!保镖一脸迷茫，他又撒着欢儿地找春花去了。正在这时，突然清兵来到，一个个突乎南北、叫嚣乎东西，说是搜捕天北会总舵主陈近南。小宝心说上弹不可久留，还是赶快逃命要紧。却不料那陈近南听到清兵叫嚷，竟自冲了出来，于是与官兵一场混点。韦小宝欲逃命，奈何形势大乱，逃跑不成，顿生戏闹之心。眼看着陈近南以寡敌众，大有英雄气概，逐心生一计，把刚找到的面粉派上用场，救了陈近南的性命。两人慌忙逃脱。清兵自是不肯罢休，便要搜查丽春院，可此时的丽春院中正有康熙带着七旗旗主密议大事，怎能容得搜查。倘若被人知道皇帝在丽春院如何如何，岂不是糟糕之极?幸得海大富急中生智， 拿出康熙信物，这才遣走了清兵。但这密议恐怕也议不成了。
再说韦小宝随陈近南一路奔逃，顿觉江湖生涯有意思，更兼仰慕陈近南大名，于是决定要跟随陈近南左右。陈近南见他心地倒还诚恳便收他为徒，照例一番规矩之后，韦小宝被编入了青木堂内。韦小宝大喜之余，不免又对陈近南的德行作了一些善意的夸张，却被陈近南当作是拍马屁，声色俱历地教训了一顿，让韦小宝知道师道尊严。韦小宝只有唯唯称是，陈近南见事如此，索性得陇望蜀，要派韦小宝混入皇宫，窃取四十二章经。那四十二章经是大清传国之宝，如何能够窍得到，韦小宝心中惧怕，顾生辍学的念头。但经不住陈近南晓之以理，动之以情，诱之以利，韦小宝既动了心要做，就开始漫天要价，一番讨价还价之后，韦小宝决定好歹试一试。但是自己本领低微，自保尚且无力，哪能去干什么大事。陈近南一想也是，就给他指了一条明路，去青龙草、朱雀散、白虎丹、玄武九四处中药物。找到后可以炼出筋骨大还丹，可使小宝功力大增。韦小宝欣然从命，陈近南虑及他本领太差，于是又指派小宝两个绝色丫头——大小双儿，伴他一路同行。小宝既有美人在侧，更是勇气大增，暗自庆幸刚才没有拒绝之余，也醒觉师恩浩荡，心中暗誓，此行纵有千难万险，也要得胜还朝。
寻 药
韦小宝携带大小双儿，出得京城，暖玉温香之间，到一处所在，原来是临皇县境内一个小村庄。可小村庄也不太平，村中有一个最擅制炸药的矿工，叫老皮，前一段时间，被“红魔鬼”捉走了，只剩得一个孩子小皮，韦小宝忽发善心，决定帮小皮找到他爸爸老皮。三人在村中四处打听，忽村西一个女子说矿坑中说不定藏着白虎丹。韦小宝闻听大喜，哪还顾得替小皮找爸爸，带着大小双儿直奔村西矿坑。这矿坑果然不一般，妖魔当道，不过得大小双儿相助，这几个小鬼还差了点。在矿坑的东北方，见到了“红魔鬼”，真是得来全不费功夫，韦小宝欲与“红魔鬼”理论，却苦于听不懂他的一嘴洋文。干脆，一不做、二不休，救老皮要紧。不料不知什么地方来一黑枪，韦小宝登时背过了气去。
好在小宝命大，中枪后并没死去，却被一樵夫救回了家。韦小宝醒来，得知原委，对樵夫自是千恩万谢，正恼怒大小双儿不知去向，大小双儿却找回了水壶，于是有了天衣清水。三人带着天衣清水找回矿坑，见到“红魔鬼”，不由分说，先用天衣清水把他的火药弄湿，火药即失，“红魔鬼”的枪也就没用了。三人一场恶战，灭掉了“红魔鬼”，救出了老皮，送老皮回家，又得知老皮所受的伤只有当世神医“鬼华佗”才能医治。韦小宝心想救人救到底，于是底双儿去找“鬼华佗”。在村北一间柴房中，遇到一个神秘老者。老者说要找“鬼华佗” ，须到古井旁的大树下。在村西，三个找到了古井和大树，可四周有一个人影。情急之下，韦小宝大叫“鬼华佗”，没想到“鬼华佗”竟一口答应了。小宝又得寸进尺，要白虎丹，鬼华佗只说在矿坑里。于是小宝三人又回到矿坑，在西南方，找到了藏有白虎丹的密室，可是一块大石拦路，令三人一筹莫展，只得回村，此时老皮的伤已被鬼华佗治好，听说有机会报答恩人，连忙表示自己是制火药的专家，自己制的火药准能把大石头炸开。第二天，三人到村北炼矿厂取得老皮所制炸药，炸掉巨石，进入密宝，得到了白虎丹。
出了矿坑，小宝携大小双儿一路东南而去，这一日到了保定境内一个小镇上，看得出这里人心惶惶，一问才知这里益贼横行。在几日前，造船的陈老板家就曾被洗劫一空。陈老板是手艺人，别的丢了尚可，造船的工具却不能被抢走啊! 小宝闻听，就去找陈老板，陈老板说，只要小宝为他找回工具，他愿意白送小宝一艘船。小宝虽看不出这有什么好处，却念及或许冥冥中自有天意，于是小宝带双儿去找盗贼。从北门出镇，见岔路口向西拐，就到了盗贼窝。没费多大力气，盗贼即缴械投降，并说出了藏造船工具的所在。三人依言南行到尽头，再向东走三步，进入地道，在地道里找到工具。回村将工具交给陈老板，陈老板说小船半月之后造好。三人回到客栈住下。
半个月过去了。三人来见陈老板，陈老板说船停在镇外河边。三人出得镇来，又同到了前面见过的神秘老者。他赠给小宝爆破弹。三人来到船上，一种降妖伏魔，来到凤鸣岛上。韦小宝原指望会有什么宝物，但岛上什么也没有。三人正不知怎么办的时候，一个大鸟从天而降，看来来者不善。三人与大鸟展开了一场恶战，不过仗也不是白打的。韦小宝深信这一仗后应该有报答。果然，打败了大鸟后，在茅屋中找到朱雀散。
三人又按原路返回到保定县，又向北到高阳县境内一个村庄，这里也出了事。原来这里有个恶霸，名叫吴龙霸，横行不法，鱼肉乡民，众乡民憨怒而不敢言。韦小宝本欲袖手旁观，怎料一进龙霸客栈，就见吴龙霸正命手下爪牙殴打阿修。三人略篱手段，救出阿修，才知阿修因为偷吴龙霸的釉彩瓷被打的，而他偷釉彩瓷为的是求鬼华佗给自己的老娘治病。离开阿修家，村人说村东有一墓穴，常常闹鬼。韦小宝不由得心中起疑，遂带大小双儿去找墓穴，出南门向东果然见到了墓穴，又跟一帮不知什么妖怪打了一通。在墓穴中见到一个老者，一聊起来才知道他就是前面那个神秘老者( 看来找哪味药也得有这个老头)。老者说，他是川龙老者， 因为本尊被困在墓穴迷宫之中，所以只能分身示人。他许诺，只要小宝找到神通镜，打败梦陀罗，救出被困的川龙老者本尊，他就告诉小宝鬼华佗的下落。
三人回到客栈，依老者所言，在门外三块大石旁找到了墓穴入口。又是一番苦斗，终于在第二层墓穴东南方找到了神通镜，又回到村东的墓穴，在川东老者的指点下，打败梦陀罗，救出川龙本尊，也得知了鬼华佗的下落。
三人回到阿修家，在阿修家门外的树上找到了鬼华佗(又是树上!)，请他治好阿修娘的病， 再见到阿修娘，便得到青龙草。
离开高阳县，又向北走，来到九重县境内一村口。一个剑士拦住去路，三下五除二，将剑士打败，剑士亦觉有误会，遂带三人到其家中。原来，神龙教势力日盛，这段时间为了追索玄武丸，弄得百姓不得安宁。这个剑士陈武是特意在村口守卫，以防神龙教来袭的。韦小宝闻言，顿生豪情壮志，决定见识一下神龙教的手段。不过，虽是兵贵神速，却也不必急在一时，出发前，先要休息好，还要找到火炎玉，然后次日清晨，出村向南，向东找到神龙教的所在。里面关的都是村民。修罗使杀出，三人与之一番恶斗，打跑修罗使，救出了众村民。
陈武的父亲陈长老告诉三人玄武丸所藏的地方。三人在木桌下面找到地道，在第二层迷宫中找到玄武丸。
到此为止，韦小宝总算找齐了青龙草，朱雀散、白虎丹、玄武丸四种药材。
除 奸
韦小宝志得意满回到京城，见到师父陈近南，陈近南少不得要夸几句，但没多久，就又把话题转到让韦小宝去偷书上。韦小宝自知力大进，且一番阅历也长了不少胆气，原也不惧这个差使，但没有大小双儿作伴，实是不能忍受。无奈师命难违，只得前去应征后宫杂役，可鬼使神差却被弄到了太监招募处，就在即将惨遭不人道时，海大富出现，它把小宝带进宫中，取名小春子。
这一日韦小宝正自纳闷，海大富为什么要这么做?却被小桂子叫到海大富房中， 原来海大富也想要四十二章经，要派他们两个到慈宁宫去偷书。韦小宝这才恍然大悟。老家伙，原来是为了这个。小桂子是打死也不敢去，结果被打死了。韦小宝也中了海大富的慢性化骨绵掌，为保小命，只好趁夜潜入了慈宁宫。
正在房内到处翻找之际，太后回宫了，韦小宝慌忙躲到屏风后面，大气也不敢出，但还是被太后察觉了。正在这时，一个黑衣人出现了，太后被引走后，韦小宝变本加厉地找，终于在床与书架中间找到一条暗道。进入暗道，在迷宫中得到正红旗四十二章经。韦小宝暗自高兴，没想到，刚走出暗道，就被建宁公主一把抢去，韦小宝天不怕地不怕更何况对方是个女子，于是死缠烂打，建宁公主且战且退，一直逃到御书房，来找康熙作帮手。康熙一见妹妹受气，当即拔拳相助，韦小宝更是不问青红皂白，也不想想这当中都是些什么人，只管打了起来。结果二人竟打了个平手，康熙想这是个挺好的陪练，于是赐封韦小宝为天子门生，还命令海大富多教小春子几手，也好来日再见高下。
韦小宝带书信回去见海大富，海大富果然有几手功夫。不几日，韦小宝练成了龙爪牙手。抱着秘胜的打算来到御书房，却发现对手原来是当今皇上。韦小宝正自千头万绪不知从何解释时，鳌拜带领一帮大臣冲进了御书房，要求康熙 降旨拘禁大学士索尼。康熙据理力争。此时，韦小宝早和建宁公主一起躲到了桌子下面，却一不小心被熬拜发现了。韦小宝危难之际显出英雄本色，拿出在丽春院苦心钻研十多年的看家本事，一阵唇枪舌剑不仅保住了自己小命，还斥退了鳌拜，解了康熙之围。康熙于是龙颜大悦，将小春子封为金牌卧底。韦小宝既得了四十二章经，就又想小赌一把。于是跟海大富讨价还价，谁知海大富根本不想还钱，就想杀了韦小宝了事。幸而此时，太后传小春子去慈宁宫，韦小宝才又保住了一次命。
韦小宝跟着宫女，一路行来，到了慈宁宫，没见到太后，却碰见了建宁公主。二人兴高采烈，大谈大笑，恰被太后看见。于是为保公主清白名节，决定把小春子处死。这时，那个黑衣人又出来跟太后斗在了一处，打着打着，黑衣人面纱被扯掉了。韦小宝一看，竟是海大富。而最令韦小宝惊异的是，太后居然是假的，一个假太后，一个海大富，二人斗得天昏暗却又谁也打不赢谁，韦小宝本来早是得躲过一旁，但人要来运气是挡也挡不过的。韦不上宝自己还不明白的时候，就把海大富打跑了。此时康熙赶到，太后自然把功劳全给了小春子。韦小宝被召致御书房，原来康熙早已明白他的身份，现在要与他和多隆一起计议如何除掉鳌拜。韦小宝献出一计，康熙以为此计甚好，于是奖给韦小宝正红正白两旗四十二章经。第二天，鳌拜进见，韦小宝和多隆使出“御赐毒酒”，“图穷匕现”等诸多计策，就是没用。当此，尚有一计可用，虽然风险太大，但也只有冒险一试了。于是韦小宝将鳌拜引到慈宁宫，假太后果然将鳌拜生擒，为不暴露身份，假太后自然又把这个功劳让给了韦小宝，于是韦小宝又被封为“不及格大学士”。又与多隆一起奉旨去抄鳌拜的家。一番搜掠之后，韦小宝总觉得事情不该进展得如此顺利，于是开始挖地三尺找，结果还是在内室书架和绿箱之间发现了暗道，在迷宫中得到了正蓝旗四十二章经。
抄家完毕，韦小宝突然良心发现，觉得该去看看自己的阴阴春花。来到丽春院，春花闻听小宝现在升官发财，大为高兴。韦小宝也甚是得意，正思量如何找到点往的感觉，却不料陈近南出来了。( 他怎么总在丽春院?被清兵吓跑了还要再跑回来)不过他先替韦小宝解去屯化骨绵掌之毒，还把韦小宝提升为青木堂堂主( 原来周堂主在帮陈近南突围时战死)。
最近陈近南还是又为韦小宝布置了任务，原来鳌拜在西城的师弟七喇嘛最近可能到大牢里去营救鳌拜，小宝和双儿必须阻挡七喇嘛，同时杀死鳌拜，并借机行刺康熙。
韦小宝携双儿回宫，在慈宁宫遇上了建宁公主，建宁公主腊意大发，三人打成一团。不料，打斗中竟发现了一条暗道，在暗道中，三人救出了真太后，才知假太后是神龙圣女。于是三人决定先团结起来一致对外，此时的韦小宝正被假太后逼问四十二章经的秘密。小宝曾从陈近南口中知道这个秘密，但又怎敢开口，只是一口咬定不知。假太后心下一怒，将他和鳌拜关在了一起。好在鳌拜不但身上受重伤，还被捆在石墙上，并不能动韦小宝半根毫毛。倒霉的是，偏巧此时七喇嘛赶到，把韦小宝掳为人质。幸而途中遇到陈近南和双儿，四人同七喇嘛展开一场大战，终于将七喇嘛杀死。
陈近南飘然而去，多隆带领大队清兵赶到，杀死了鳌拜。紧接着假太后和康熙也先后赶到，假太后知道韦小宝知道自己的底细，就欲诬陷韦小宝。可是真太后和建宁公主又赶来了，假太后的真面目终于被拆穿了，神龙圣女只好逃之夭夭。
韦小宝因救太后，杀鳌拜，被封为鹿鼎公，至此韦小宝已是位极人臣，权倾一时，神龙教的阴谋才初露端倪，《鹿鼎记》原著中还有诸多引人入胜的情节和人物没有出现，不过，本游戏就到此为止了。