在《三国志2017》中，各位主公们在施行内政，招兵买马的同时，还能通过副本系统，品味闻名遐迩的三国故事。作为通关副本的奖励，各位主公将会获得由水镜先生提供的元宝、铜币和装备。
副本入口：
主公们可以通过主界面右侧的“副本”按钮，进入副本挑战界面。
副本章节数：
在《三国志2017》中，各位主公将在副本故事中品味大家耳熟能详的三国故事。包括：黄巾之乱、董卓之乱、群雄割据、下邳之战、官渡之战、平定江东、新野之战、赤壁之战(上)、赤壁之战(下)、渭南之战等。在参与三国故事的同时，获得丰富的副本奖励。
副本的分类：
在《三国志2017》中，主线副本分为普通副本与精英副本2类，其难度有着较大的区别。在各位主公三星通关之后，则可派出部队进行扫荡。
普通副本每个关卡每日可以免费挑战或扫荡10次，如果超出次数则需要花费一定的元宝重置扫荡次数。精英副本每个关卡每日则可免费或挑战2次。
宝箱奖励：
每个章节下各有5个关卡，每个关卡根据通关后武将的存活情况会获得1-3星的评价，当各位主公获得6星、9星、15星时，都可以领取到由水镜先生提供的宝箱奖励。
副本掉落：
普通副本：每次消耗5点体力，将产出随机数量的武将进阶道具。
精英副本：各位主公需要先通关普通副本，才能开启对应的精英副本，精英副本每次消耗10点体力，主要产出武将好感度，集齐一定数量的好感度后即可获得指定的武将。