《神将三国》游戏采用即时制战斗，同一场战斗中最多可以使用5个场上五武将和1个后援武将。场上的武将依照先手值的高低顺序进行攻击。
和其他游戏不同的是，游戏中加入了怒气值系统，场上武将攻击和被攻击都能累积怒气值。当怒气值累积满了，即可释放华丽的必杀技。后援武将的怒气槽会随着时间自动填充，填充满后，可以选择让后援武将释放必杀技，并且替换下任意场上武将。
除了手动操作，游戏还提供了无需操作的自动战斗模式。在自动战斗模式中，武将会自动释放必杀技，援护的武将更是会自动替换下最虚弱的武将，充分保持场上的战力。同时还可以手动调节战斗的速度，以节省时间，快速把敌方斩于马下。
另外，游戏还有数种特殊状态，极大的丰富了战斗乐趣，再加上各种拥有特殊技能的武将出现，战斗过程将会更具有挑战性，乐趣十足。