《合金装备：原爆点》是故事的序章，它发生在《幻痛》之前9年，这两部作品共同构成了完整的《合金装备5》。《幻痛》是主要部分，相对来说内容更多，而《原爆点》的时间则设定在《和平行者》结束以后。
1975年正是冷战的缓和时期，越南战争即将结束，世界开始在冷战的阴霾下逐渐复苏。不过，尽管两大超级大国之间的对抗趋于缓和，一小支军事力量却在此时逐渐在加勒比海地区站稳了脚跟。这是一种新型的军事组织，一支没有国籍和故乡的军队。
这支军队的领袖是神秘的男子“Snake”，以地下形式秘密活动。他们是一群精英雇佣兵，为世界上的许多国家提供服务。随着他们的名声水涨船高，他们的资金和力量也开始逐渐膨胀。终于，有传言称这个组织已经获得了核武器。这引起了国际原子能组织的警惕，一支拥有核武器、没有国籍、没有明确行动纲领、未在反核扩散条约上签字的军事力量，开始让一些国家如芒在背。国际原子能组织也就此展开了调查。
与此同时，Snake收到了关于曾经渗透进“大本营”的女间谍Paz（《合金装备：和平行者》女主角，最后一刻暴露自己最终Boss真面目的伪萝莉）的消息，据说Paz并没有死，而是被囚禁在古巴南方的一个美国海军基地。
这个基地建有一个监狱，在这座监狱里美国和古巴的法律均不适用，许多极端的拷问方式都可以在这里进行。了解到这一信息后，一名组织的年轻志愿兵“Chico”（对Paz有感觉），自己擅自开始了对Paz的营救行动。
没过多久，Snake就收到了来自Chico的求救信号，Chico也被敌人抓住了。别无选择的Snake亲自执行了一次潜入任务，以期将Chico和Paz全部救出。而在此时，“大本营”还需着手准备即将到来的核核查。
但是，Snake并不知道，他的决定最终会引出一系列改变他命运的悲剧事件。
Snake在本作中可以呼叫附近友军及直升机。如果有必要，Snake可以利用附近NPC的吉普车躲过地方巡逻的坦克，或利用信标呼叫友军直升机接送至不同任务，甚至其他国家。玩家甚至可以自定义直升机中的音乐。