拳皇 2003由原始的 NEO GEO 版本直接移植，背景改为 3D 方式描绘，并追加 3D 化后特有的演出效果。角色的图像并将针对 PS2 高解析度化，背景音乐则是首次以重新演奏版的方式推出，也可以使用以前的队伍来对战，并加入了“Multi-Shift”的新系统，玩家可以在战斗时自由替换队友。
控制键
W ----上
S ----下
A ----左
D ----右
J ----A
K ----B
I ----C
O ----D
5 ----投币
1 ----1P开始
最终boss分支
拳皇2003有2个最终boss，一个是阿迪尔海德·伯恩斯坦（卢卡尔的儿子），另一个是无界（遥彼系列的人物）
打出他们的条件
第4战面对KUSANAGI，如果用消耗能量的攻击（换人攻击也算的）打死他，那么最终boss就是无界；反之则是阿迪尔海德。
而游戏的结局乃至官方完整队伍结局则必须击败无界后才能看到；若最终boss是阿迪尔海德，那么打倒他后直接宣布“game over"
选择最终boss（PS2版限定）
阿迪尔海德通关流程最终boss是艾迪尔海德·伯恩斯坦的话，通关后即可解锁艾迪尔海德·伯恩斯坦（在八神庵头像上按R1即可选出）。
无界通关流程最终boss是无界的话，通关后即可解锁无界（在草薙京头像上按R1即可选出）。
草雉京——下，左下，左，左上，左，左下，下，右下，右，右上+重拳OR轻拳OR重脚OR轻脚
神乐千鹤——上，左上，左，左下，下，右下，右，右上，右，右下，下，左下+重拳OR轻拳OR重脚OR轻脚
要领就是要连续输入，输入速度不要很快，主要是准确。
注用重拳选出草雉京，和用轻拳选出的矢吹真吾对战，会出现很有意思的情景。
神乐千鹤在任意位置输入↑↖←↙↓↘→↗→↘↓↙+任一键
草薙在任意位置输入↓↙←↖←↙↓↘→↗+任一键
注最后一个方向键要拉住的时候选人
PS2版可直接选择KUSANAGI和神乐姐妹。
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