－全精灵可习得技能大幅完善优化。
－透明对话框出选项和对站前闪白的问题修复。
－神柱王种族值错误，气象球威力错误。
－幻龙之塔的黑白龙离开后无法再次触发。
－阿克罗马行走图变色解决，更换位置。
－魅影摩天楼隐藏的赛诺地区冠军错误。
－孵蛋道路查询到个体处的挡路NPC挪开。
－火箭队银河团等离子团小卒音乐错误为头目战音乐。
1、打开游戏安装目录，找到VB.EXE文件，双击打开游戏启动器。
2、在弹出的页面中选择文件打开，选择“口袋妖怪：漆黑的魅影之无尽混沌.gba”。
3、打开进入游戏即可。
为了满足部分玩家的需求，增加了挑战程度远超4.5神盟的“新神盟”，同使用满级的5只神兽加一只普通精灵的五个反派实力首领的人格代码进行连续对战，可以使用药品但中途没有间歇和回复，该挑战需要完成魅影摩天楼的挑战，得到天界之笛后前往世界Abando的门，进入位于亚空间的谜之实验室进行挑战，胜利后会得到纪念性道具。
1、世界镜之湖，国际刑警汉森对话。
2、G世界森之洋馆，电脑邮件信息。
3、C世界极寒之渊，自我吐槽的山男剧情。
4、A世界亚空间实验室，人格代码极限挑战程序“无尽混沌（获得天界之笛后可进入）。
5、及与之相关的C世界梦之实验室阿克罗马的相关剧情对话。